Saunja laht on Haapsalu lahe idapoolseim osa. See asub Läänemaal Lääne-Nigula vallas ja Haapsalu linnas. Lahe veepeegli pindala on 7,46 km². Lahte suubuvad Taebla jõgi ja Võnnu oja, laht kuulub Väinamere hoiualasse, lahe kallastel on Silma looduskaitseala.
Saunja laht on piklik loode-kagusuunaline veekogu, mille pikkus on umbes 5,5 km ja suurim laius lahesuu juures on umbes 2,2 km. Lahesuu (Killaste silm) on lahe edelaosas, selle laius on umbes 400 m. Saunja lahte eraldab Tahu lahest Võnnu poolsaar. Killaste silmas on Killasterahu. Saunja lahe lõunakaldal, Taebla jõe suudmest läänes on Kirimäe poolsaar ja Saarenina (neem), põhja poole jääb Rohelserahu. Lahesuu vastas lahe keskel on Valgerahu. Võnnu poolsaare idaranniku lähedal on Keskmiserahud, Kadrinarahud, Kajakarahu. Saunja lahe idakalda lähedal on Kõrgrahu, Põdrarahu, Mihklirahu. Saunja lahe põhjatipust itta jääb Riimi meri, mida eraldab lahest Riimisaar (poolsaar). Põhja poole jääb Saaremõisa laht, mida käsitletakse ka rannajärvena. Lahe idarannikul on ka neemed Laevanina ja Taganina.
Saunja lahe keskkonnaregistri kood oli VEE3317050.