Fedearen Doktrinarako Kongregazioa Aulki Santuaren organo berezia da. Joan Paulo II.ak argitaratutako Pastor Bonus konstituzioaren arabera, kongregazioaren helburua Eliza Katolikoan doktrina zuzena zaintzen dela bermatzea da. 1542ko uztailaren 21ean Paulo III.ak sortutako Inkisizio Erromatar eta Unibertsalerako Kongregazio Sakratuaren —Erromako Inkisizioa ere deitua— ondorengoa da.
Erromako Elizaren batasunaren kontrako ekintzei eta ideiei aurre egitea helburu zuen, baina, batez ere, protestantismoaren aurka egiteko sortu zen. Elizaren erakunde edo auzitegi gorena zenez, haren erabakien kontra ezin zen auzitan gorago jo. 1917ra arte induljentziak emateko ahalmena izan zuen Ofizio Santuak.
1908an Pio X.ak Ofizio Santuko Kongregazio Sakratua izena eman zion. Gaur egun daukan izena, Fedearen Doktrinarako Kongregazioa, Paulo VI.ak ezarri zion 1965ean, Vatikanoko II. Kontzilioan. 1969an, teologia-batzar bat sortu zen kongregazioaren barruan, dotrinako gai eta arazo nagusiak aztertzeko. Aita santuaren mende dago Fedearen Dotrinarako Kongregazioa.
25 kide ditu. Gaur egungo Aita Santua, Benedikto XVI.a, Kongregazio honetako buru izan zen 24 urtez (1981-2005). Gaur egun William Joseph Levada kardinal estatubatuarra da buru.