Mikroskopio elektronikoa, ikusi nahi den objektua “argiztatzeko” elektroiak erabiltzen dituen mikroskopioa da. Mikroskopio hauek teknika zuzenak erabiliz 50 pm-ko[1] (50*10-12m) bereizmena lortu dezakete, praktikan x10.000.000 inguruko irudi handiagotze batera itzultzen dena. Abantaila guzti hauek, mikroskopio optiko batekin alderatuz, elektroiaren uhin luzera argiarena baino 100.000 aldiz txikiagoa izan daitekeelako daude justifikatuta.
Mikroskopio mota hauek ikerkuntzan: mikroorganismoak, zelulak, molekula handiak, metalak, kristalak... ikertzeko erabiltzen dira eta industrian: oso txikiak diren produktuen kalitate kontrol edo hutsegite probak egiteko.