Apoentsyymi on entsyymin osa.[1] Apoentsyymiin kiinnittyy kofaktori tai koentsyymi.[1] Apoentsyymi määrittelee entsyymin substraattispesifiyden.[1]. Apoentsyymi on sama tai lähes sama kuin entsyymin proteiini. Tyypillisessä apoentsyymissä on 500-600 aminohappoa. Suhteellisen pienessä apoentsyymissä on 62 aminohappoa. Apoentsyymissä on pääosa entsyymin aktiivisesta osasta.