Autokefalia (kreik. auto 'itse' tai 'oma' ja kefalos 'pää') on muun muassa ortodoksisessa kirkossa paikalliskirkon täysin itsenäinen ja muista kirkoista hallinnollisesti riippumaton asema.[1] Tällainen asema on ortodoksisen kirkon patriarkaattien lisäksi esimerkiksi Kreikan ja Kyproksen ortodoksisella kirkolla.
Koko ortodoksisen kirkon piirissä autokefaalisiksi tunnustettuja kirkkoja on neljätoista. Lisäksi esimerkiksi Amerikan ortodoksisella kirkolla on sen kantakirkon Moskovan patriarkaatin vuonna 1970 tunnustama autokefalia, mutta tätä asemaa ei Konstantinopolin ekumeeninen patriarkaatti ole tunnustanut. Autokefaaliseksi 1990-luvulla julistautuneen ukrainalaisen Kiovan patriarkaatin asemaa ei mikään muu ortodoksikirkko hyväksynyt ennen vuotta 2018.[2] Tälloin Konstantinopolin patriarkka, vastoin Moskovan tahtoa, tunnusti Kiovan ortodoksisen kirkon autokefaalisen aseman. Päätös johti vakavaan välirikkoon Moskovan ja Konstantinopolin patriarkaattien välillä.[3]