Japanin Grand Prix 1999 oli Formula 1 -sarjan osakilpailu, joka ajettiin Suzukan radalla Japanissa 31. lokakuuta 1999. Kilpailu oli kauden viimeinen ja sen voitti Mika Häkkinen, joka samalla varmisti itsellensä toisen maailmanmestaruutensa. Ferrari vei valmistajien mestaruuden. Vuoden 1996 maailmanmestari Damon Hill päätti uransa tähän kilpailuun.