Kongregaatio (lat. congregātiō, yhteenliittymä) tarkoittaa yleiskielessä liittoa, yhdistystä tai seurakuntaa. Katolisessa kirkossa kongregaatioita ovat jotkin virastot, esimerkiksi kardinaalikongregaatio, eräät luostarijärjestöt ja jotkin maallikkojärjestöt.
Luostarijärjestöt (congregatio monastica) ovat jonkin munkkikunnan, esimerkiksi benediktiinien, piirissä muodostettuja yhteenliittymiä, joihin kuuluu useita itsenäisiä luostareita. Ryhmittyminen kongregaatioiksi alkoi vanhojen munkkikuntien piirissä jo keskiajalla. Uudella ajalla muodostetut luostarijärjestöt ovat yleensä kongregaatioita, jotka ovat järjestyneet vapaammin kuin vanhat munkki- ja nunnakunnat.
Maallikkojärjestöt (congregatio religiosa) ovat vaatimuksiltaan ja järjestelyltään väljempiä yhteenliittymiä kuin vanhat munkki- tai nunnakunnat. Näiden kongregaatioiden jäsenet toimivat luostareiden ulkopuolella oppilaitoksissa, sairaanhoidossa, lähetystehtävissä tai muissa käytännön tehtävissä. Maallikkokongregaatiot ovat katoliselle kirkolle tärkeitä työjärjestöjä. Sellaisen voi perustaa paavin ohella piispakin.