Kymotrypsiini on yksi haiman erittämistä ruoansulatusentsyymeistä, ja sen tehtävä on pilkkoa ravinnon valkuaisaineita lyhyemmiksi aminohappoketjuiksi. Kymotrypsiini erittyy haimasta inaktiivisena kymotrypsinogeenina. Näin varmistetaan, ettei se hajota elimistön omia proteiineja ennen kuljetusta ohutsuoleen, joka on sen varsinainen vaikutuspaikka. Kymotrypsinogeenin muuttaa aktiiviseen muotoon haiman erittämä trypsiini, joka sekin kuuluu valkuaisaineita pilkkoviin ruuansulatusentsyymeihin.
Kymotrypsiinin entsyyminumero on EC 3.4.21.1 ja CAS-numero 9004-07-3.