Molekyylikello on molekyylien ajan mukana tapahtuvaan muuttumiseen perustuva ajoitusmenetelmä. Sillä koetetaan selvittää, milloin kaksi lajia erosivat toisistaan. Koska molekyylien muuttumisnopeus vaihtelee ajan kuluessa[1], molekyylikellolla saadaan monesti hyvin epätarkkoja tuloksia ilman menetelmän säätämistä muiden ajoitusmenetelmien avulla. Yleensä molekyylikelloa on käytetty soveltaen evoluutioteoriaa, paleontologiaa ja eläviä eliöitä. Nykyään molekyylejä etsitään myös vanhoista eliöistä kuten dinosauruksista. Molekyylien muuttuminen ajan mukana näkyy muun muassa globiineissa ja sytokromi-c:ssä.