IBM oli yrittänyt lisensoida CP/M-käyttöjärjestelmän mutta yritys kariutui.[3][4] Seurauksena IBM lisensoi käyttöjärjestelmän Microsoftilta.[5][6]
Microsoft hankki oikeudet QDOS-käyttöjärjestelmään, jonka nimi muuttui 86-DOS:ksi.[2][7] QDOS:in kehittäjä Tim Paterson siirtyi Microsoftille viimeistelemään käyttöjärjestelmän IBM:n vaatimusten mukaan, joka toi siihen CP/M:ää muistuttavia piirteitä.[2] 86-DOS muutti myöhemmin nimeä MS-DOS:ksi, joka IBM:n lisenssillä myytynä oli nimeltään PC-DOS.[2][1]
Microsoft ja IBM jakoivat versioon 5 asti saman koodipohjan ja PC-DOS on lähes samanlainen kuin MS-DOS, mutta eroaa joidenkin mukana toimitettujen apuohjelmien osalta.[8]
Versiosta 6.1 eteenpäin PC-DOS oli IBM:n oma erillinen tuote.