Prefektuuri on useissa maissa, muun muassa Ranskassa ja Japanissa, käytetty alueiden hallinnolliseen jakoon viittaava termi. Sana tulee alun perin latinan sanasta praefectura, joka tarkoitti Rooman valtakunnassa Rooman alaista kaupunkia, jota hallitsi prefekti (praefectus) ja jonka asukkailla oli osittaiset tai täydelliset Rooman kansalaisoikeudet.