Sotilashallinto tarkoittaa sotilasviranomaisten hoitamaa hallintoa. Se tarkoittaa sitä osaa julkisesta hallinnosta, joka ei ole siviilihallintoa tai kirkollishallintoa. Tavallisesti sotilashallinnolla kuvataan niiden armeijaan ja asevelvollisuuteen liittyvien asioiden ylläpitämistä, jotka eivät liity suoraan taistelutoimintaan. Näihin kuuluvat esimerkiksi henkilöstöhallinto, budjetointi, rahoitus, hankinta, koulutus ja kehitystyö.[1] Käyttäessään hallinnollista aluejakoa sotilashallinto voi jakaa valtionsa alueet sotilasalueisiin, kuten sotilaspiireihin tai sotilaslääneihin, kuten esimerkiksi Suomen puolustusvoimat teki vuoteen 2014 saakka.[2][3]
Tyypillisesti oikeusvaltiossa sotilashallinto on siviilihallinnon määräysvallan alainen. Tällöin kyseessä on armeijan siviilimääräysvalta. Valtiota, jossa tämä järjestys on päinvastainen kutsutaan usein sotilasdiktatuuriksi ja sen hallitusta sotilashallitukseksi. Sitä ylläpitävästä sotilashallinnosta saatetaan käyttää myös nimitystä sotilasjuntta tai pelkästään juntta.