Systeemiteoria on poikkitieteellistä järjestelmien tutkimusta, minkä tavoitteena on löytää sellaisia periaatteita, joita voidaan soveltaa kaikentyyppisten systeemien käsittelyyn eri tutkimusaloilla. Termillä ei ole vielä täysin vakiintunutta merkitystä. Sitä voidaan kuitenkin pitää systeemiajattelun erikoistapauksena ja yleistyksenä yleisestä systeemitieteestä, joka muodostaa systeemisen näkökulman. Systeemien teorian käsite on saanut alkunsa Ludvig von Bertalanffyn yleisestä systeemiteoriasta. Sitä on sovellettu myöhemmin muilla alueilla kuten toimintojen teoriassa ja sosiaalisten systeemeitten teoriassa.
Rajoittuneempi käsite systeemiteoria kytkeytyy erilaisten järjestelmien analysointiin, suunnitteluun ja ohjaukseen perustuen matemaattisten mallien käyttöön, joilla kuvataan järjestelmän muuttujien syy–seuraus-suhteita ja vuorovaikutuksia.[1]