L’ADN non codant, parfois appelé improprement[1] ADN poubelle ou ADN satellite (junk DNA en anglais, terme inventé par le chercheur Susumu Ohno en 1972[2]), désigne l’ensemble des séquences du génome qui ne sont pas traduites en protéines. Une proportion très importante de la plupart des génomes eucaryotes est composée de cette classe d’ADN dont les fonctions biologiques sont mal connues et qui a été en partie sous-estimée[3].
L’ADN non codant peut se décomposer en différentes catégories. Certaines régions non codantes jouent un rôle dans la régulation de la transcription et la maturation des ARN ou dans l’organisation et la maintenance du génome. Certaines séquences sont transcrites en ARN mais ne sont pas traduites en protéines, et c’est l’ARN qui a un rôle fonctionnel dans la cellule. Certaines régions non codantes sont constituées de séquences répétées qui peuvent être issus d'éléments d'ADN mobiles, à réplication autonome à l'intérieur de la cellule. Enfin, certaines séquences n'ont probablement aucun rôle.
La proportion de ces différentes catégories d'ADN varie d'une espèce à l'autre et la proportion d'ADN "non fonctionnel" dans les génomes est encore un sujet de débat[4].
La plupart des différences dans les sites de restriction concernent des changements dans les séquences non codantes qui n'ont d'effet ni sur l'expression des gènes ni sur le phénotype. Les cartes de restriction sont indépendantes de l'expression des gènes.