Le clan Nakatomi (中臣氏, Nakatomi-uji ) est un clan influent du Japon ancien. Ce clan, qui soutient fermement le shintoïsme face à l'introduction du bouddhisme, prétend descendre d'un kami, à un degré moins sublime que celui de la famille impériale.
Le clan lutte avec le clan Mononobe contre le clan Soga pour l'interdiction du bouddhisme. Il prend le pouvoir en 645.
Le clan Nakatomi est à l'origine du clan Fujiwara (fondé par Nakatomi no Kamatari), probablement le clan le plus influent de l'époque de Heian.