L'exclusion des personnes autistes (dont la cause est parfois désignée par le néologisme d'autismophobie) appartient au principe d'exclusion sociale d'individus jugés indésirables par une population majoritaire. Les personnes ayant des troubles du spectre de l'autisme (TSA) étaient fortement exclues jusqu'au début du XXe siècle. Les politiques publiques et les découvertes scientifiques permettent d'améliorer les interventions pour compenser le handicap et la qualité de vie depuis la seconde moitié du XXe siècle. L'ONU a affirmé les droits des personnes autistes à vivre parmi la société sans être discriminées, en 2005 et 2008. Des politiques de désinstitutionnalisation, d'intégration, puis d'évolution vers une société inclusive sont menées dans différents pays. Les pays scandinaves et anglo-saxons sont réputés les plus avancés. En 2015, le Conseil des droits de l'homme constate la persistance de violations des droits humains fondamentaux des personnes autistes dans de nombreux pays, tant en Europe, notamment en France et en Grèce, que sur le continent africain. Parallèlement, des tests de dépistage prénatal de l'autisme sont en développement.
L'accès aux services de base, notamment à l'éducation, peut être difficile, sinon impossible, en raison non seulement de symptômes liés à l'autisme comme l'hypersensibilité sensorielle, mais aussi à cause de préjugés sur le handicap social. Les situations de dépendance et les internements en hôpital psychiatrique qui en résultent entraînent des coûts financiers importants, et des négations de droits humains, incluant l'utilisation de médicaments et de systèmes de contention sans consentement. Les jeunes autistes qui accèdent à l'éducation subissent souvent du harcèlement scolaire et des insultes. Des cas d'infanticides d'autistes dits « sévères » sont documentés. Les personnes autistes sont vulnérables aux agressions sexuelles, et les femmes subissent un risque de placement abusif de leurs enfants lorsqu'elles deviennent mères. L'accès à l'emploi est rare, les compétences professionnelles des adultes autistes étant fréquemment sous-estimées. Avec un fort taux d'échec à l'entretien d'embauche, leur taux de chômage atteint 75 à 91 % en Europe. Cet ensemble de difficultés entraîne des suicides, de fréquentes angoisses et des dépressions, et donc une augmentation de la mortalité des personnes autistes. Elles pourraient être alimentées par les représentations stéréotypées de l'autisme, bien que le lien soit difficile à établir.
Certaines entreprises pratiquent une discrimination positive en faveur de l'emploi, notamment dans l'informatique. Le mouvement pour les droits des personnes autistes cherche à apporter des solutions pour réduire cette exclusion sociale, par la diffusion d'une philosophie de l'appartenance et la demande d'un changement de regard extérieur sur l'autisme, afin de mettre fin au rejet de la différence.