L'histoire de Lima commence vers 100 à 650 lorsque le territoire de l'actuelle capitale du Pérou, était habité par divers groupes amérindiens, bien avant l'arrivée de l'Empire Inca dans la région. Cette civilisation appelée culture Lima se développa dans les vallées des rivières Chillón, Rímac et Lurín. Les populations étaient regroupées sous différentes seigneuries régionales, parmi lesquelles la seigneurie d'Ichma. La vallée de ces 3 rivières et ses environs a été occupée par une série implantations et de complexes bâtis de différentes époques construits en adobe, boue et pierre associés au système d'irrigation des vallées; à ce jour, il y a environ 500 de ces restes (communément appelés "huacas") sous forme de pyramides, de plates-formes et plus, dispersés dans toute la ville. Le temple de Pachacamac dans la vallée du Lurín est le temple le plus important laissé par ces civilisations.
Au XVe siècle, les Incas ont conquis la région, ont occupé certains de ces sites et ont également érigé leurs propres bâtiments publics dans des endroits comme Pachacámac.
Bien qu'elle puisse donc être retracée depuis l'époque préhispanique en tant que « zone urbanisée », l'histoire de la ville de Lima telle qu'elle est connue aujourd'hui n'a véritablement commencée que le 18 janvier 1535, date de sa fondation par Francisco Pizarro.
La ville a été établie dans la vallée du fleuve Rímac dans une zone soumise à la seigneurie d'Ichma et portant le nom de "Cité des Rois". Elle devint la capitale de la vice-royauté du Pérou et le siège d'une audience royale en 1543. Au XVIIe siècle, la ville prospéra en tant que centre d'un vaste réseau commercial malgré de fréquents tremblements de terre et la menace des pirates.
Ce boom a pris fin au XVIIIe siècle à la suite du déclin économique de Lima et des réformes bourboniennes.