L’histoire de la Colombie commence il y a plus de 20 000 ans. Différentes civilisations amérindiennes se développent dès cette époque, dont la plus influente est celle du peuple Chibcha. Celui-ci domine le centre du pays lorsque Christophe Colomb « découvre » l'Amérique en 1492.
Le territoire est rapidement colonisé par l'Espagne, qui lui donne le nom de Nouvelle-Grenade. De nombreuses villes sont fondées dont Santafe de Bogota (l'actuelle capitale de la Colombie) en 1538. Les Amérindiens sont massacrés ou soumis au régime de l’encomienda. Des Africains sont amenés pour servir de main-d'œuvre servile, notamment dans les mines d'or du Chocó. Devenue une partie de la vice-royauté de Nouvelle-Grenade en 1717, le pays connaît d'importants soulèvements à partir de 1810 à la faveur de l'affaiblissement de la métropole lors de la Guerre d'indépendance espagnole. Grâce à la guerre menée par le Libertador Simón Bolívar ces révoltes aboutissent à l'indépendance de la totalité de la vice-royauté en 1819, malgré une reconquête temporaire par la métropole.
En 1821, la Nouvelle-Grenade (dont fait alors partie le Panama), la Capitainerie générale du Venezuela et l'Audience royale de Quito se regroupent en une république, la République de (Grande) Colombie. Cependant, de nombreux désaccords surviennent et des volontés d'indépendance se font sentir, aboutissant à la sécession du Venezuela en 1829 et de l'Équateur l'année suivante.
La Grande Colombie devient alors la République de Nouvelle-Grenade, une république centralisée. Mais de nouvelles tensions apparaissent entre bolivaristes (centralistes catholiques) et santandéristes (fédéralistes et laïcs). De nombreuses guerres civiles découlent de ces oppositions. À partir du milieu des années 1850, le pays prend un tournant fédéral, devenant la Confédération grenadine en 1858, puis les États-Unis de Colombie en 1863. Le gouvernement central perd progressivement la quasi-totalité de ses pouvoirs et le pays en devient presque ingouvernable jusqu'à la politique de Regeneración du président Rafael Núñez. Celle-ci aboutit à l'abandon du fédéralisme et à l'adoption de la constitution de 1886 qui crée la République de Colombie et reste en vigueur pendant plus d'un siècle.
Les affrontements ne cessent cependant pas totalement et, en 1899, commence la guerre des Mille Jours, une guerre civile particulièrement violente qui dure trois ans et affaiblit la Colombie au point qu'elle ne peut s'opposer à l'indépendance du Panama en 1903. Cette épreuve choque durement la classe dirigeante qui s'abstient de tout nouveau conflit pendant plus de quarante ans, ce qui permet au pays de se développer économiquement. Cependant en 1948 le leader du parti libéral, Jorge Eliécer Gaitán, est assassiné à Bogota. Sa mort provoque des émeutes appelées Bogotazo qui dégénèrent en une guerre civile connue sous le nom de La Violencia. Le général Gustavo Rojas Pinilla tente de mettre fin à l'anarchie en prenant le pouvoir en 1953. Après un succès mitigé, il est renversé en 1957. Le pays est alors dirigé par le Front national, une alliance entre le Parti libéral et le Parti conservateur.
Même si le calme revient peu à peu, cette confiscation du pouvoir par les deux partis principaux entraîne certaines formations politiques de gauche vers des modes de contestation non institutionnels et violents. Les Forces armées révolutionnaires de Colombie (FARC) en fournissent un exemple parmi d'autres. Cette radicalisation déclenche un nouveau conflit, baptisé conflit armé colombien, toujours en cours aujourd'hui. Depuis l'adoption en 1991 d'une nouvelle constitution qui restaure le pluralisme politique, et après l'exercice d'une politique militaire active contre les différentes guérillas, ce conflit tend néanmoins à s'apaiser et la situation à se normaliser.