Par le décret de l'Alhambra, les Juifs sont expulsés d'Espagne en 1492. Certains choisissent le Portugal comme refuge mais le , ils sont à nouveau expulsés qu'ils soient de longue date établis au Portugal ou nouveaux arrivants d'Espagne. Puis en octobre 1497, le roi Manuel transforme l'expulsion en conversion forcée.
Pendant les deux siècles qui suivent, les Juifs d'Espagne et du Portugal qui pratiquent toujours secrètement le judaïsme (les crypto-juifs dit Marranes) vont fuir la péninsule et s'établir pour quelques-uns en France, pour beaucoup d'autres aux Pays-Bas ou en Angleterre. Ils y formeront une grande part des communautés de ces pays. Les synagogues portugaises d'Amsterdam et Londres témoignent de leur séjour. Certains émigrèrent même vers le Brésil hollandais puis les colonies anglaises d'Amérique du Nord où la plus vieille synagogue des États-Unis, la synagogue Touro, rappelle leur épopée. D'autres encore vont s'établir dans le bassin méditerranéen.
On appellera donc « Juifs portugais » les Juifs ibériques, essentiellement Portugais cependant, émigrés en France, aux Pays-Bas, en Angleterre ou en Amérique[1].
- Une autre raison d'appeler les Juifs de la péninsule ibérique « Portugais » vient du fait qu'aux XVIe et XVIIe siècles, les pays qui leur servaient de refuge, la France, les Pays-Bas ou l'Angleterre étaient souvent en guerre avec l'Espagne et donc se dire espagnols pouvait leur porter tort. Voir à ce propos le site de la synagogue portugaise d'Amsterdam (en anglais).