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Un instrument scientifique est un instrument utilisé en sciences, permettant d'acquérir des données, de mesure ou d'observation, et ce, depuis des échelles nanométriques et micrométriques, jusqu'aux échelles macroscopiques, voire mégascopiques, en passant par celles mésoscopiques.
Ce sont la plupart du temps des instruments de mesure (spectromètres, multimètres, etc.) ou d'observation (photographieurs et imageurs, sismographes, spectroscopes, microscope polarisant, etc.), ou de plus en plus, les deux à la fois.