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Le problème des relations entre l'Église catholique romaine et l'Empire, le pouvoir spirituel et le pouvoir temporel, se pose dès la christianisation de l'Empire romain. Au Moyen Âge, le pape est requis de sacrer l'empereur qui, en retour, peut lui apporter son soutien contre les factions urbaines de Rome ou les Normands de Sicile. Mais, en retour, l'empereur réclame une mainmise croissante sur la nomination des évêques dans ses États tandis que le pape, depuis la réforme grégorienne, s'efforce d'affirmer l'indépendance et la suprématie du Saint Siège. Cette tension débouche au XIe siècle sur la querelle des investitures conclue provisoirement par le concordat de Worms en 1122.
Le conflit se réveille sous le règne de Frédéric Barberousse avec la lutte du sacerdoce et de l'Empire. Le pape Alexandre III lance l'excommunication contre l'empereur et encourage l'insoumission des cités italiennes de la Ligue lombarde tandis que Frédéric suscite contre lui des antipapes. Finalement, Frédéric se relève de son excommunication en allant mourir en croisade en 1190.
Le conflit reprend et s'envenime sous son petit-fils Frédéric II, à la fois empereur et roi de Sicile. Celui-ci rencontre des opposition constantes suscitées par le pape et même son départ pour Jérusalem ne lui vaut pas absolution. Il meurt en 1250 et la papauté s'acharne contre le reste de sa dynastie. Le Saint-Empire romain en sort très affaibli. Toutefois, la papauté ne parvient pas plus à imposer sa vision d'une théocratie mondiale.