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Voici un aperçu des caractères propres aux métabiontes :
Leurs chloroplastes ne possèdent pas de paroi de peptido-glycanes (contrairement au groupe frère des Glaucophytes, ce qui indique que cette absence est une perte secondaire.). Le chloroplaste possède à la place une double membrane : la membrane interne qui serait issue de la cyanobactérie à l'origine de l'endosymbiose, et la membrane externe provenant de la vacuole d'endocytose de la cellule hôte.
Les molécules circulaires de leur ADN chloroplastique sont concentrées en de nombreux nucléoïdes distribués partout dans le chloroplaste.
Il y a possibilité d'organisation pluricellulaire.