L'occupation et annexion des pays baltes désigne la période durant laquelle ces trois États indépendants — Estonie, Lettonie et Lituanie — ont été envahis, occupés et annexés jusqu'en 1991.
Les trois pays sont envahis et occupés en juin 1940 par l'Union soviétique dirigée par Staline, suivant les directives du Pacte germano-soviétique signé entre l'Allemagne nazie et l'Union soviétique en août 1939, juste avant le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale. Cette dernière voit l'Allemagne nazie déclencher le 22 juin 1941 l'opération Barbarossa et ainsi occuper à son tour les pays baltes. En juillet 1941, le Troisième Reich incorpore leurs territoires dans son Reichskommissariat Ostland, jusqu'à la reprise de contrôle par les soviétiques à la suite de l'offensive balte de 1944.
Les trois pays sont ensuite annexés de force à l'Union soviétique via la création de « républiques constituantes » en août 1940. Les États-Unis et la plupart des autres pays occidentaux et institutions internationales n'ont jamais reconnu cette annexion, la considérant comme une occupation illégale.
L'occupation soviétique de 1944 à 1991 voit l'installation de nombreux habitants de Russie et d'autres régions de l'ex-URSS dans les trois pays baltes, tandis que les langues, la religion et les coutumes locales sont réprimées. Cette colonisation est étroitement liée aux exécutions massives, aux déportations et à la répression de la population autochtone. Au cours des deux occupations soviétiques (1940-1941 ; 1944-1991), un total de 605 000 habitants des trois pays sont tués ou déportés (135 000 Estoniens, 170 000 Lettons et 320 000 Lituaniens), tandis que leurs biens et effets personnels, ainsi que ceux des habitants qui ont fui le pays, sont confisqués et remis aux colons arrivants – personnel militaire soviétique et du NKVD, ainsi que des fonctionnaires du Parti communiste et des migrants économiques.
Les pays baltes recouvrent leur indépendance de facto en 1991 lors de la dissolution de l'Union soviétique. La Russie retire ses troupes entre 1993 et 1998.