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Un pigment biologique est une substance synthétisée par des organismes vivants qui a une couleur résultant de l'absorption sélective des couleurs. De nombreuses structures biologiques, telles que les chloroplastes, la vacuole, la peau, les yeux, la fourrure ou les cheveux contiennent des pigments.
Les couleurs pigmentaires, dites chimiques, diffèrent des couleurs structurelles, dites physiques, car les premières ne varient pas selon l'angle visuel, alors que les secondes résultent d'une réflexion sélective ou de phénomènes d'interférence liés d'ordinaire à la structure microscopique multicouche de l'objet comme celle des ailes de papillon.
La fonction biologique du composé pigmenté peut-être liée à sa couleur (absorption de l'énergie lumineuse pour la photosynthèse, absorption des couleurs pour les pigments de la rétine…) ou non (pigment respiratoire transporteur de l'oxygène telle que l'hémoglobine ou l'hémocyanine, pigments biliaires dans la digestion…).