Le projet Onondaga est un projet du Site historique maritime de la Pointe-au-Père (SHMP), un musée situé à Rimouski au Québec (Canada), pour convertir en navire musée le NCSM Onondaga, un sous-marin de la Marine royale canadienne désarmé en juin 2000. Lancé par le Musée canadien de la guerre (MCG) d'Ottawa en 2000, le projet de conversion de l’Onondaga est abandonné par ce musée en 2002 par manque de financement. Le SHMP, qui s'intéresse à un projet de sous-marin musée depuis 2000, réalise une étude de faisabilité en 2003 démontrant le potentiel de rentabilité du projet et fait l'acquisition de l’Onondaga en 2005.
En 2006, le SHMP entreprend des démarches auprès des gouvernements pour financer le projet et répondre aux exigences environnementales. Il identifie aussi le site d'installation du sous-marin, parallèle au quai de Pointe-au-Père. Ce choix entraîne une augmentation des coûts d'installation forçant le musée à réduire le concept de l'exposition et à mettre au point une méthode de halage utilisant un rail pour réduire les coûts. Le SHMP obtient finalement l'appui financier des gouvernements au début de 2008.
Le remorquage du sous-marin de Halifax à Rimouski a lieu en juillet 2008 et est l'objet d'un documentaire de la série télévisée Ça bouge en grand !. L’Onondaga arrive à Rimouski le 17 juillet et doit être installer à Pointe-au-Père en profitant des grandes marées pour faciliter son halage. Cependant, le mauvais temps retarde l'opération jusqu'au 29 août. Le halage débute plutôt bien, mais tourne court le 31 août lorsque le sous-marin se renverse sur le côté. De nombreuses tentatives pour le redresser échouent et le SHMP décide de le ramener à Rimouski pour l'hiver. Le sous-marin est finalement redressé à la mi-octobre et son positionnement permet de reprendre le halage vers le lieu d'exposition. L'opération se poursuit jusqu'au 30 novembre lorsque le SHMP juge que l'emplacement atteint par le sous-marin est satifaisant même s'il n'a pas atteint le site prévu.
L'aménagement de l’Onondaga, réalisé avec un budget restreint, débute en janvier 2009 et consiste d'abord à ériger une digue de roche pour le protéger des marées et à nettoyer l'intérieur du submersible. Le système électrique du sous-marin est ensuite refait et les équipements électroniques remis en fonction. À partir d'avril, les travaux consistent à réaliser un audioguide, construire le bâtiment d'accueil et installer les passerelles d'accès. L'exposition, inaugurée le 13 juin 2009, est un succès en termes de fréquentation et permet au SHMP d'obtenir un « Grand prix du tourisme québécois » en 2010.