Le protestantisme est la religion la plus importante au nord de l'Europe, dans les Pays nordiques (Danemark, Finlande, Islande, Norvège et Suède) dans les pays baltes (surtout en Estonie et Lettonie), le nord de l'Allemagne, en Grande-Bretagne et en Irlande du Nord. Il y a aussi d'importantes minorités aux Pays-Bas, en Suisse, en Hongrie, et dans le sud de l'Allemagne. Des communautés sont présentes en France. Il est à noter que malgré une très forte présence lors de la Réforme, en Autriche et en République tchèque, les protestants ont quasiment disparu d'Europe centrale à la suite des persécutions.
Le protestantisme européen se divise traditionnellement entre luthériens (Allemagne, Scandinavie, pays baltes), calvinistes (Suisse, Pays-Bas, Écosse...), évangéliques et pentecôtistes. L'Angleterre est de tradition anglicane. Comme un peu partout dans le monde, les chrétiens évangéliques sont en pleine expansion dans certains pays d'Europe, en particulier en France où plus de la moitié des 2068 églises évangéliques ont été implantées au cours des trente dernières années.
La Communion d'Églises protestantes en Europe est la plus importante organisation européenne d'Églises protestantes. Elle fut fondée le sous le nom de Communion ecclésiale de Leuenberg entre les Églises luthériennes et réformées d'Europe quand elles signèrent la Concorde de Leuenberg. Ce texte d'accord théologique a été signé également par l'Église évangélique des frères tchèques et les Méthodistes. Il s'inscrit dans les précédents de la Concorde de Wittemberg (1536) et du consensus de Sandomierz (1570). Aujourd'hui, la Communion d'Églises protestantes en Europe compte 105 Églises membres.
La Conférence des Églises protestantes des pays latins d'Europe est une organisation européenne rassemblant des églises protestantes de Belgique, d'Espagne, de France, d'Italie, du Portugal et de Suisse.