Un puits de carbone ou puits CO2 est un réservoir de carbone (naturel ou artificiel) absorbant du carbone depuis le cycle du carbone. Ce carbone est séquestré dans le réservoir avec un temps de résidence très long par rapport à celui dans l'atmosphère.
Les puits de carbone principaux sont les océans[1] par dissolution et le vivant par assimilation via la flore (forêt, tourbière, prairies, phytoplancton), la faune, et les sols (humus). Les tourbières et prairies contiennent chacune 2 à 2,5 fois plus de carbone que les forêts tropicales humides ; et avec seulement 3 % des surfaces émergées les tourbières stockent près de 613 Gt de carbone, soit près d’un tiers du total planétaire[2]. Les bactéries photosynthétiques, la chaîne alimentaire et la nécromasse qui en dépendent contribuent aux puits de carbone.
En stabilisant la quantité de CO2 atmosphérique, les puits de carbone influent sur le climat planétaire, les écosystèmes et la présence des espèces. Les équilibres récents sont désormais menacés par la production massive de carbone anthropique et sa diffusion dans l'atmosphère. Les puits de carbones absorbent et séquestrent une partie seulement de ce nouvel apport. Ces puits sont eux-mêmes dégradés : la végétation potentielle diminuée par les activités humaines a réduit sa capacité de stockage de carbone par assimilation de 900 à 450 pétagrammes/an[3].
En France, la loi Grenelle II prévoit[4] qu'un rapport du Gouvernement au Parlement portera sur « l'évaluation des puits de carbone retenu par les massifs forestiers » et leur « possible valorisation financière pour les territoires » (art. 83).
Sur le temps long, les processus biologiques d'assimilation et dépôts ont permis l'accumulation d'importants stocks de carbone fossile sous forme de charbon, pétrole, gaz naturel, hydrate de méthane et roches calcaires. Ces stocks datent principalement du Carbonifère.