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En bleu, Chaîne lourde avec une région variable (VH) suivie d'une région constante (CH1), une région charnière, et deux autres régions constantes (CH2 and CH3).
En vert, Chaîne légère avec une région variable (VL) et une constante (CL)
La recombinaison V(D)J est un mécanisme de recombinaison de l’ADN qui se produit uniquement au cours des premiers stades de la maturation des lymphocytes B et les lymphocytes T. C’est une recombinaison site-spécifique sur le chromosome support de la protéine, qui retient de manière presque aléatoire l'un des nombreux allèles homologues utilisables dans le domaine « variable », pour ses différents segments « variable » (V), de « jonction » (J) au domaine constant, et pour certaines protéines, de « diversité » (D). Le processus utilise en particulier plusieurs éléments d'un mécanisme plus général de réparation de l'ADN, appelé réparation par jonction d'extrémités non homologues.
Cette recombinaison assigne à chacun de ces lymphocytes une combinaison unique d'allèles, et donc une configuration unique de la protéine qui sera potentiellement traduite. Elle est à l'origine de la grande diversité de récepteurs des cellules T et d’immunoglobulines nécessaires à la reconnaissance spécifique de l’immense variété des antigènes étrangers. Il en résulte un répertoire très diversifié d'anticorps / immunoglobulines et de récepteur des cellules T (TCR), chaque récepteur n'étant porté que par une fraction infime des lymphocytes.
Ce processus est la caractéristique clef du système immunitaire adaptatif, qui permet la reconnaissance des antigènes de presque tous les agents pathogènes, y compris les bactéries, les virus, les parasites et les vers, ainsi que les "cellules du soi altérées" comme on en trouve dans le cancer. Quand elle est défaillante, la « reconnaissance » peut également conduire à des réactions de nature allergique (par exemple au pollen ou à d'autres allergènes), ou être dirigée contre les tissus de l'hôte et conduire à une maladie auto-immune.
La recombinaison V(D)J est présente chez les humains et d’autres vertébrés. Chez les mammifères, elle se produit dans les organes lymphoïdes primaires (moelle osseuse pour les lymphocytes B, et thymus pour les lymphocytes T).
En 1987, Susumu Tonegawa a reçu le prix Nobel de physiologie ou médecine « pour sa découverte du principe génétique de la génération de la diversité des anticorps ».