La Shoah en Estonie fait référence aux crimes nazis commis pendant l'occupation allemande de l'Estonie pendant la Seconde Guerre mondiale. Avant la guerre, environ 4 300 Juifs estoniens vivaient dans le pays. Après l'occupation soviétique de 1940, environ 10 % de la population juive est déportée en Sibérie avec d'autres Estoniens. Environ 75 % des Juifs estoniens, conscients du sort que leur réservait l'Allemagne nazie, ont fui en Union soviétique ; les restants (entre 950 et 1 000 personnes) ont pratiquement tous été tués par l'Einsatzgruppe A et des collaborateurs locaux avant la fin de 1941. Les Roms d'Estonie ont également été assassinés et réduits en esclavage par les occupants nazis et leurs collaborateurs. Les nazis et leurs alliés ont également tué environ 6 000 Estoniens de souche et 1 000 Russes de souche accusés d’être des sympathisants communistes ou des parents de sympathisants communistes. En outre, environ 15 000 prisonniers de guerre soviétiques et des Juifs d'autres régions d'Europe ont été tués en Estonie pendant l'occupation allemande[1].
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