La tombe de saint Pierre, découverte dans la nécropole du Vatican, se trouve sous la basilique Saint-Pierre au Vatican. Elle comprend plusieurs tombes et un emplacement construit pour commémorer l'emplacement de la tombe de l'apôtre Pierre. Le tombeau de saint Pierre se situe près de l'extrémité ouest d'un complexe de mausolées qui remontent à 130 après Jésus-Christ et l'an 300. Le complexe a été partiellement démoli et comblé de terre pour fournir une base pour la construction de la précédente basilique, également appelée basilique de Constantin, sous le règne de Constantin Ier, commencée entre 326 et 333 : elle nécessite la démolition du Circus Vaticanus ou Cirque de Caligula et de Néron qui s'étendait sur la partie sud du chantier. Constantin décide de raser les sépultures de la nécropole alignées le long d'un sentier car la tradition y fixait la tombe de saint Pierre.
L'empereur pensait ainsi construire l'autel de sa basilique au-dessus de cette tombe[5]. Bien que de nombreux ossements eussent été trouvés sur le site du sanctuaire au cours du IIe siècle, à la suite de deux campagnes de fouilles archéologiques, le pape Pie XII déclare en , que nul ne peut confirmer qu'ils appartiennent à saint Pierre avec une certitude absolue[note 3]. Cependant, après la découverte d'ossements supplémentaires ainsi qu'une inscription, le , le pape Paul VI annonce que les reliques de saint Pierre sont identifiées[7].
La tombe présentée par l'Église comme étant celle de saint Pierre se trouve au pied de l'édicule sous le sol. Les dépouilles de quatre personnes, ainsi que ceux d'animaux de la ferme, sont trouvés dans cette tombe[8]. En 1953, après avoir achevé les premiers travaux archéologiques, un autre ensemble d'os est trouvé : ceux-ci auraient été enlevés à l'insu des archéologues à partir d'une niche (loculus) du côté nord d'un mur (le mur de graffiti) qui vient buter contre le mur rouge sur la droite de l'édicule. Des tests ultérieurs indiquent que ce sont les ossements d'un homme de 60 à 70 ans[9]. Margherita Guarducci fait valoir que ce sont les restes de saint Pierre et qu'ils auraient été transférés dans une niche, dans le mur de graffiti de la tombe sous l'édicule, à l'époque de Constantin Ier, après la paix de l'Église (en 313)[10]. Antonio Ferrua, l'archéologue qui a dirigé les fouilles de ce qui est connu comme la tombe de saint Pierre, déclare qu'il n'est pas convaincu que les os trouvés sont ceux de saint Pierre[11].
Au-dessus de la tombe de saint Pierre, dans la basilique, est érigé le baldaquin de saint Pierre, réalisé par Le Bernin, de 1624 à 1633.
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