Un cilio (do latín cilĭum, cella, ou talvez do grego κυλίς, kilis, pálpebra ou pestana) é un orgánulo presente nas células eucariotas, que ten o aspecto dun apéndice que se proxecta desde o corpo celular con forma de pelo. Os cilios conteñen unha estrutura central altamente ordenada, constituída xeralmente por máis de 600 tipos de proteínas, inmersa no líquido do citosol e envolta pola membrana plasmática. A maioría destas proteínas forman parte de microtúbulos, que constitúen a parte central do cilio, denominada axonema.[1][2]
Algúns elementos celulares como os estereocilios poden confundirse cos cilios ao microscopio óptico, pero en realidade están estruturalmente relacionados cos microvilli.[3]