A filoxenia (do grego: phylon = tribo, raza, e genetikos = relativo á xénese = orixe) é o termo comunmente utilizado para hipóteses de relacións evolutivas (ou sexa, relacións filoxenéticas) dun grupo de organismos, isto é, para determinar as relacións ancestrais entre especies coñecidas (as que viven e as extintas).