Az APG II-rendszer egy modern növényrendszertani osztályozás volt, amit 2003-ban publikált az Angiosperm Phylogeny Group, 4½ évvel elődje, az APG-rendszer (1998) után. Mindkét rendszer a növényrendszertannal foglalkozó tudósok széles körű konszenzusán alapul. Míg az APG főleg a rendekre koncentrált, az APG II a családok pontosabb besorolására is hangsúlyt fektetett.
Lényegében a zárvatermők filogenetikus osztályozását, ami az 1998-as APG alapját képezte, a rengeteg új molekuláris genetikai adat igazolta és megerősítette. Mindazonáltal még számos kidolgozásra váró terület maradt: ilyen a zárvatermők korán divergáló (bazális) csoportjai közti kapcsolatok felfedése (beleértve a valódi kétszikűek nagyobb leszármazási ágait), és számos rend, mint például a Malpighiales és a Lamiales pontos meghatározása.
Az APG-rendszerhez képest eltérés a magnoliids klád megjelenése, a commelinoids klád átnevezése commelinids-re (az eredeti klád neve túlságosan hasonlított a Commelinoideae-re). Az APG II-ben számos eddig besorolatlan családot sikerült összevonni öt új rendbe (Austrobaileyales, Canellales, Gunnerales, Crossosomatales és Celastrales), így 45 rendet tartalmaz. Az APG-hez képest nem választottak szét vagy vontak össze rendeket egymással, és egyetlen család sem került át másik rendbe. Egyetlen családot, az Oncothecaceae-t kellett eltávolítani a Garryales rendből és áthelyezni az euasterids I kládba rendbe nem sorolt családként. Az APG II 457 családot ír le, 5-tel kevesebbet az APG rendszernél. Az APG II családjai közül 39-et nem soroltak rendbe, ezek közül 36-ot rendnél magasabb szinthez soroltak a zárvatermőkön belül. 55 „szögletes zárójeles” családot is leír, ezek olyan családok, amik az őket a kladogramban megelőző sensu lato családról opcionálisan leválaszthatók (ez a leválaszthatóság később népszerűtlennek bizonyult, az APG III-rendszerben már nem éltek vele).
Az APG II-rendszer nagy támogatottságot ért el, egészében vagy módosításokkal számos mai rendszertani osztályozás alapját képezte. A 6½ évvel később, 2009 októberében publikált APG III-rendszer váltotta fel.
Az APG II-rendszer rendszer teljes terjedelmében elérhető:
A rendszer főbb csoportjai (az összes klád) a következők:
Az APG II-rendszer családjai és rendjei néhány besorolatlan tétel kivételével az alábbiakban megtalálhatók. Az al-listák elején azok a családok vagy rendek találhatók, amik nem tartoznak további kládba, szögletes zárójelben pedig az opcionálisan összevont családok:
Megjegyzés: a „+ …” opcionálisan összevont családot jelent, ami leválasztható az őt megelőző családról.