DrugBank

A DrugBank egy egységes, szabadon elérhető online adatbázis, mely a gyógyszerekről és azok céljairól tartalmaz információkat.^[1] Mint összetett bioinformatikai és kémiainformatikai forrás, a DrugBank a gyógyszerek (kémiai, gyógyszerészeti, farmakológiai) jellemzőit és azok jellemző célzott területeit mutatja be.^[1][2] A DrugBank használ anyagokat a Wikipédiából,^[3] a Wikipédia pedig gyakran hivatkozik a DrugBankre.

Az adatbázis legutóbbi, (5.0-s verziója) 9591 gyógyszerbejegyzést tartalmaz, melyek között van 2037, az FDA által jóváhagyott kismolekulás gyógyszer, 241 biotechnológiai proteines/peptides gyógyszer, 96 speciális étrend kiegészítő és több mint 6000 kísérleti gyógyszer.^[4] Ezekhez a gyógyszerbejegyzésekhez további 4270 protein szekvencia is tartozik, melyek továbbíthatják, szállíthatják, célba juttathatják az enzimeket. Minden DrugCard bejegyzés (Fig. 1) több mint 200 adatmezőt tartalmaz,melyeknek a fele a gyógyszerészeti/kémiai jellemzésére, a másik fele pedig a célba juttatás vagy a protein leírását szolgálja.^[4]

További négy adatbázis, a HMDB,^[5] a T3DB,^[6] az SMPDB ^[7] és a FooDB szintén része a metabolomikai/kémiai informatikai adatbázisok általános csomagjának. A HMDB hasonló információkat tartalmaz mintegy 40 000 emberi metabolitról, a T3DB 3100 általános méregről és környezeti károsítóról tartalmaz adatokat, az SMPDB útvonal-diagrammok tárháza, melyben mintegy 700 emberi metabolikus és betegségekkel kapcsolatos útvonal található meg, míg a FeoDB nagyjából 28 000 étel-összetevőről és élelmiszer-adalékanyagról ad felvilágosítást.

1. ↑ ^{a b} Wishart, DS (2006. január 1.). „DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration”. Nucleic Acids Research 34 (Database issue), D668-D672. o. DOI:10.1093/nar/gkj067. PMID 16381955. PMC 1347430.  
2. ↑ Wishart, DS (2008. január 1.). „DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets”. Nucleic Acids Research 36 (Database issue), D901–906. o. DOI:10.1093/nar/gkm958. PMID 18048412. PMC 2238889.  
3. ↑ „The Dizzying Problem of Citationless Wikipedia “Facts” That Take On a Life of Their Own”, Slate Magazine, 2019. március 7. (Hozzáférés: 2019. november 9.) (angol nyelvű) 
4. ↑ ^{a b} (2014. január 1.) „DrugBank 5.0: shedding new light on drug metabolism”. Nucleic Acids Research 42 (Database issue), D1091-7. o. DOI:10.1093/nar/gkt1068. PMID 24203711. PMC 3965102.  
5. ↑ (2009. január 1.) „HMDB: a knowledgebase for the human metabolome”. Nucleic Acids Research 37 (Database issue), D603-10. o. DOI:10.1093/nar/gkn810. PMID 18953024. PMC 2686599.  
6. ↑ Lim, E (2010. január 1.). „T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets.”. Nucleic Acids Research 38 (Database issue), D781-6. o. DOI:10.1093/nar/gkp934. PMID 19897546. PMC 2808899.  
7. ↑ Jewison, T (2014. január 1.). „Small Molecule Pathway Database.”. Nucleic Acids Research 42 (Database issue), D478-84. o. DOI:10.1093/nar/gkt1067. PMID 24203708. PMC 3965088.