Bendera El Salvador disetujui tanggal 17 Mei 1912. Didasarkan pada bendera Persatuan Provinsi Amerika Tengah, terinspirasi dari bendera Argentin, dan disetujui tahun 1822, dibatalkan tahun 1865, diganti tahun 1912, dan diterima terakhir tahun 1972.
Seperti negara-negara Amerika Tengah lainnya, bendera El Salvador berwarna biru dan putih untuk mengenang federasi Amerika Tengah yang telah terpecah.
Terdapat dua versi bendera, satu memiliki Lambang Nasional dan satu bendera lainnya dengan kata-kata "DIOS UNION LIBERTAD" (Spanyol: Tuhan, Persatuan, Kebebasan). Satu bendera dengan Lambang digunakan oleh organisasi pemerintahan dan negara. Versi lainnya digunakan untuk kepentingan sipil. Kedua bendera memiliki rasio aspek 3:5.
Sejak 1865 hingga 1912, bendera yang berbeda digunakan, berdasarkan bendera Amerika Serikat, dengan garis biru dan putih yang saling berselang dan kanton merah dengan bintang putih.