Dalam matematika, khususnya dalam teori matriks, matriks permutasi adalah matriks biner persegi yang memiliki tepat satu entri 1 di setiap baris dan setiap kolom dan 0 di tempat lain. Setiap matriks tersebut, misalnya P, mewakili permutasi dari m elemen dan, ketika digunakan untuk mengalikan matriks lain, katakanlah A, menghasilkan permutasi baris (saat pra-perkalian, untuk membentuk PA) atau kolom (saat pasca-perkalian, untuk membentuk AP) dari matriks A.