Organisme mikroaerofil adalah suatu tipe organisme yang membutuhkan oksigen untuk tetap hidup tetapi dalam jumlah yang lebih sedikit daripada kadar di atmosfer bumi (yang memiliki konsentrasi oksigen ~20%).
Contoh organisme ini adalah Borrelia burgdorferi, spesies dari bakteri spirochaete yang memnyebabkan penyakit Lyme (Lyme disease) pada manusia, dan Helicobacter pylori, spesies proteobacteria yang dianggap menyebabkan tukak pada saluran pencernaan (ulkus peptikum) dan beberapa jenis gastritis (peradangan lambung, yang sering dikenal dengan sebutan maag).