Dalam biologi molekuler, dua nukleotida dalam DNA atau RNA yang saling komplementer dan terhubung oleh ikatan hidrogen disebut pasangan basa (bahasa Inggris: base pair, disingkat bp atau pb).
Dalam pasangan basa Watson-Crick, adenina (A) membentuk pasangan basa dengan timina (T), sementara guanina (G) dengan sitosina (C) dalam DNA. Pada RNA, timina (T) digantikan oleh urasil (U).
Pasangan basa juga merupakan mekanisme dasar bagi kodon pada mRNA untuk dikenali oleh tRNA pada saat translasi dalam pembentukan protein.