Pelabuhan pedalaman adalah pelabuhan yang berada di perairan pedalaman sungai besar, kanal. anjir maupun danau yang bisa dilayari. Karena melalui perairan pedalaman biasanya draft kapal tidak terlalu dalam tergantung kepada perairan yang dilewati.
Di Eropa pelayaran pedalaman merupakan salah satu moda angkutan barang yang dominan khususnya di wilayah Belgia, Jerman, Prancis.