Protein Data Bank

Protein Data Bank

Konten
Deskripsi	Struktur protein Kristalografi sinar-X Penentuan struktur NMR
Kontak
Akses
Format data	PDB
Situs web	www.wwpdb.org www.pdbe.org www.rcsb.org/pdb www.pdbj.org
Perangkat
Lain-lain

Protein Data Bank (PDB) adalah suatu basis data bagi data struktur tiga dimensi dari molekul biologis berukuran besar, seperti protein dan asam nukleat. Data tersebut, biasanya diperoleh dari kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, atau, yang terbaru melalui mikroskopi elektron kriogenik, kemudian diunggah oleh para ahli biologi dan biokimiawan dari seluruh dunia, dapat diakses secara bebas di internet melalui situs web organisasi anggotanya (PDBe,^[1] PDBj,^[2] dan RCSB^[3]). PDB diawasi oleh suatu organisasi yang disebut dengan Worldwide Protein Data Bank, wwPDB.

PDB merupakan basis data yang sangat penting dalam bidang biologi struktur, seperti genomika struktur. Sebagian besar jurnal ilmiah utama, dan beberapa agensi pendanaan, saat ini mengharuskan ilmuwan untuk menyerahkan data struktur hasil penelitian mereka pada PDB. Banyak basis data lainnya yang menggunakan struktur protein yang tersimpan di PDB. Misalnya, SCOP dan CATH mengelompokkan struktur protein, sementara PDBsum menyediakan ikhtisar grafis dari entri PDB menggunakan informasi dari sumber lain, seperti ontologi gen.^[4][5]

1. ^ EMBL-EBI. "PDBe home < Node < EMBL-EBI". www.pdbe.org (dalam bahasa Inggris). 
2. ^ "Protein Data Bank Japan - PDB Japan - PDBj". www.pdbj.org (dalam bahasa Inggris). 
3. ^ Bank, RCSB Protein Data. "RCSB PDB: Homepage". www.rcsb.org (dalam bahasa Inggris). 
4. ^ Berman, H. M. (Januari 2008). "The Protein Data Bank: a historical perspective" (PDF). Acta Crystallographica Section A (dalam bahasa Inggris). A64 (1): 88–95. doi:10.1107/S0108767307035623. PMID 18156675. 
5. ^ Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (Desember 1997). "PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures". Trends Biochem. Sci. (dalam bahasa Inggris). 22 (12): 488–90. doi:10.1016/S0968-0004(97)01140-7. PMID 9433130.