Sungai bawah tanah adalah sungai yang mengalir sebagian atau seluruhnya di bawah tanah, dengan kata lain permukaan air dan tepi sungai tidak terekspos cahaya matahari.[1] Sungai bawah tanah tidak sama dengan air tanah dan akuifer di mana air mengalir namun tidak seperti sungai melainkan melalui retakan kecil bebatuan dan pori-pori tanah.
Sungai bawah tanah dapat dihuni oleh berbagai jenis makhluk hidup seperti ikan Amblyopsidae dan organisme troglobite yang telah beradaptasi dengan kegelapan total.[2]