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S. Alan Stern (New Orleans, 22 novembre 1957) è un astronomo statunitense, specializzato nella planetologia.
È il Principal investigator della missione spaziale New Horizons della NASA diretta verso Plutone, ovvero dirige il gruppo di ricerca che manovra la sonda. È stato direttore esecutivo della divisione per l'ingegneria e le scienze spaziali del Southwest Research Institute, prima di essere nominato nel 2007 "amministratore associato" del Science Mission Directorate (in italiano, Direttorato per le missioni scientifiche) della NASA. Ha rassegnato le dimissioni da tale incarico dopo poco più di un anno.