Un allele (dal Greco ἄλλος állos, "altro") è una delle diverse forme in cui può presentarsi un gene. L'insieme di tutti gli alleli per un particolare carattere costituisce la totalità delle informazioni genetiche che definiscono un gene.
Un allele è una variazione della sequenza di nucleotidi che codifica la sintesi di un prodotto genico nello stesso punto (locus genico) su una lunga molecola di DNA. Due alleli possono differire per una sola coppia di basi oppure per diverse migliaia.
La maggior parte degli alleli osservati determinano un cambiamento minimo o nullo nella funzione del prodotto genico per il quale codificano. Tuttavia, a volte, alleli diversi possono risultare in tratti fenotipici osservabili diversi, come ad esempio una diversa pigmentazione.
Un notevole esempio di ciò è la scoperta da parte di Gregor Mendel che i colori dei fiori, bianchi o viola, nelle piante di pisello dipendono dall'espressione di un unico gene che presenta due alleli: uno determina il colore bianco l'altro quello viola.