Le aree naturali protette in Mozambico sono piuttosto recenti. Dalla seconda metà degli anni novanta, il Mozambico si è attivato per istituire zone protette, creando parchi nazionali e riserve naturali. La regione è infatti ricca di specie animali di cui però ben un'ottantina sono in pericolo di estinzione in quanto la pressione umana si fa sempre più alta e il territorio ha avuto il duplice problema di mine rimaste dalla guerra civile e di una superficie agricola in continua espansione.
I parchi nazionali più importanti sono: il parco nazionale di Banhine, il parco nazionale di Gorongosa, il parco nazionale di Zinave e il parco nazionale del Limpopo. Quest'ultimo fa parte del progetto di creazione del parco transfrontaliero del Grande Limpopo, un'area protetta transnazionale che nasce dalla collaborazione tra Mozambico, Sudafrica e Zimbabwe. Nel 1991 l'isola di Mozambico è stata dichiarata patrimonio dell'umanità. Situata sull'isoletta omonima collegata alla terraferma da un lungo ponte di tre chilometri, la città era capitale della Colonia Portoghese dell'Africa Orientale ed è caratterizzata da un'importante architettura rimasta invariata dal XVI secolo nei materiali, (pietre Omacuti), negli elementi decorativi e nelle modalità costruttive.