La bandiera ufficiale di Mayotte è la bandiera della Francia, in quanto Mayotte è un dipartimento e regione d'oltremare francese. Tuttavia esiste una bandiera non ufficiale utilizzata a livello locale dagli abitanti dell'isola: essa consiste nello stemma di Mayotte su campo bianco, sovrastato dalla scritta rossa in stampatello maiuscolo "MAYOTTE".