Le bandiere ebbero tanto un ruolo simbolico quanto un ruolo funzionale durante la Guerra di secessione americana. Le bandiere di guarnigione e di posto simboleggiavano gli ideali e gli scopi della Nazione ma funzionalmente servivano anche a identificare il posto sul quale sventolavano come proprietà del Governo. Le bandiere delle unità militari servivano a mostrare l'"anima" di un'unità da combattimento ma funzionalmente fornivano anche una guida per mantenere l'allineamento in battaglia, per guidare un'unità in avanti o radunarla se si disperdeva. Alcune bandiere, comunque, utilizzate sul territorio da militari, ebbero un ruolo assai più funzionale che simbolico. Esse includevano le bandiere che identificavano un ospedale per salvaguardarlo o per dirigervi i feriti; bandiere che trasmettevano segnali o messaggi su lunghe distanze; bandiere che distinguevano i livelli della struttura di comando in un'armata; bandiere che segnavano i confini del campo di una unità di fanteria o i suoi fianchi in combattimento; e bandiere che servivano da segnali per guidare le compagnie di cavalleria o le batterie leggere d'artiglieria. Sebbene non così notevoli come le bandiere delle unità e non considerate con lo stesso slancio da chi le utilizzava, queste bandiere funzionali fanno comunque parte del firmamento delle Bandiere Confederate.