Il Campionato AMA di motocross 2006 è la 35ª edizione del campionato nazionale statunitense di motocross.
Il campionato è diviso in 2 categorie: la ex 250, parigrado della MX1, ora chiamata semplicemente "Motocross", e la ex 125, parigrado della MX2, chiamata "Motocross Lites".