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La digestione è il secondo passaggio della nutrizione degli organismi viventi. Di tipo chimico e/o meccanico, trasforma e riduce in complessità i principi nutritivi assunti, in genere macromolecole o strutture biologiche complesse, in sostanze più semplici assorbibili ed assimilabili dall'organismo. Comprende sia i processi digestivi propri dell'apparato digerente nei metazoi, sia la digestione all'interno della cellula, ad esempio nei vacuoli digestivi, nell'ambito della fagocitosi, la digestione di molecole complesse come la lignina da parte di funghi come gli ascomiceti, ed in generale la degradazione a scopo metabolico, compresa quella effettuata dalle piante carnivore per procurarsi elementi minerali essenziali, come l'azoto da fissazione biologica assente nei terreni da loro abitati, dalla digestione dalle molecole complesse di piccoli organismi animali.