Drosophila incertae sedis è un insieme di specie prive di collocazione nell'ambito della suddivisione tassonomica del genere Drosophila (Diptera: Drosophilidae) in sottogeneri.
Da decenni, il genere Drosophila, di cui è stato accertato il carattere parafiletico, è oggetto di revisioni tassonomiche che hanno comportato diverse importanti modifiche con conseguente riduzione del numero complessivo di specie. Quelle restanti, attualmente, ammontano ad un numero imprecisato che orientativamente si colloca fra le 1100 e le 1500 specie, a causa dell'incerta posizione tassonomica di alcuni clade. A queste si aggiunge un numero indefinito di specie non ancora descritte. I molteplici studi hanno permesso di ricostruire, almeno in parte, il complesso albero filogenetico delle Drosophila con la definizione di una ripartizione tassonomica in sottogeneri e, nell'ambito di questi, in insiemi privi di rango tassonomico definiti come "gruppi" e "sottogruppi" di specie affini.
Nella suddivisione tassonomica è attualmente riconosciuta l'esistenza di sette sottogeneri, di cui Drosophila (Drosophila) e Drosophila (Sophophora) sono i più consistenti. Un numero imprecisato di specie, tuttavia, non trova collocazione in alcuno di questi gruppi, spesso a causa di informazioni insufficienti ai fini dell'analisi cladistica. La complessità delle informazioni acquisite sul genere Drosophila, tuttavia, è causa di un certo grado di confusione, con la ricorrenza - in letteratura - di differenti nomenclature relative alle specie di incerta collocazione.