Analisi comparativa dei genomi sequenziati e metodi automatici per genome - scala di annotazione delle funzioni geniche [2]
Applicazione delle comparative genomica per l'analisi filogenetica, la ricostruzione di forme di vita ancestrali e la costruzione di grandi scenari evolutivi.
Studio computazionale delle principali transizioni nell'evoluzione della vita, come l'origine degli eucarioti.
Evoluzione del signaling eucariotico e percorsi di sviluppo dal punto di vista comparativo - genomico.
Test di previsioni fondamentali della teoria dell'evoluzione utilizzando il confronto di sequenze genomiche.
Ha proposto dei calcoli[6] che suggeriscono che le probabilità in gioco diventano ammissibili per giustificare la possibilità di pervenire al sistema di traduzione/replica del DNA mediante il caso e la selezione darwiniana solo se si accetta la teoria del multiverso.
^ Koonin E.V., The cosmological model of eternal inflation and the transition from chance to biological evolution in the history of life, in Biology Direct vol. 2, n. 15 (2007).